Если рейс задержан и из за этого вы не попали на стыковку, проданную этой же авиакомпанией, то, какая бы не была причина задержки - эта ситуация разруливается авиакомпанией.
Если у вас куплен рейс этой авиакомпании, а потом отдельно куплен рейс другой, то гарантировать стыковку первая компания не может. Если рейсы выполняются разными авиакомпаниями одного альянса, то это позиционируется, как рейс одной авиакомпании и их обязанность обеспечить вам стыковку.
Если пассажир зарегистрирован, но не пришел вовремя (или совсем)на посадку, самолет будет задержан в любом случае. Даже если рейс регулярный и должен вылететь по расписанию, произойдет задержка, в случае, если у пассажира сдан багаж(а с багажом летает 9 пассажиров из 10). Одно из правил безопасноти, применяемых повсюду в мире - самолет не может вылететь с багажом пассажира, не пришедшего к борту. Причина - предпологается, что багаж может быть опасен(бомба) и поэтому пассажир не полетел вместе с багажом.
Поэтому сначала пассажира вызывают, потом ищут, и если не нашли, то разгружается весь багаж до тех пор, пока не найдется его сумка, оформляется снятие багажа, потом оставшийся багаж грузится заново и только отом самолет вылетает.
Иногда задерживают рейс чтобы дождаться группу большую группу пассажиров, для которых этот рейс стыковочный. Так тоже бывает.