Во-первых, в клетке не должно быть ничего, кроме небольшого количества туалетной бумаги или салфеток. Домики, гамаки - убрать. Тяжелые миски тоже убрать. Миски должны быть либо намертво привинчены к прутьям, либо совсем мелкие и маленькие (хотя у меня вот всего несколько дней назад одна талантливая мамаша и в крохотной хомячковой миске чуть ребенка не утопила).
Во-вторых, ширина между прутьев должны быть такой, чтобы вот эти вот крохотные крысята не могли случайно выпасть, если мать с ними на сосках решить полезть на стену. Если там расстояние больше 1 см, придумывайте как закрыть.
В-третьих, если она нормально кормит, то ее можно выпустить погулять, а самим в это время посмотреть-пересчитать малышей и слегка убрать клетку (только самое грязное, полностью мыть пока нельзя). В руки их брать можно и нужно, только чтобы руки без резких посторонних запахов были.