Про "топазового бурмиза"

[Vili-Nsk]

17.10.13 исполнилось 4 года с начала проекта "топазовый бурмиз". Вскоре мне прийдётся его закрыть. Хочу кратко подвести итоги.

Грубо говоря, "на пальцах" схема такая:

Цель - крыса с генотипом Bubu rr chch

1 этап. Вязка топаз/беж + бурмиз/сиам/соболь = F1, агути-чёрные с генотипом Rr Cch
2 этап. Вяжем двух F1: Rr Cch + Rr Cch = F2, в котором идёт расщепление на агути/чёрных (56,25%), сиамов/бурмизов = "пойнтированные" (18,75%) и топазов/бежей="рубиновые" (18,75%). Плюс, рассчётно возможен "пойнтированный рубин"=бежевый/топазовый сиам/бурмиз - с вероятностью 6,25% (1 из 16ти) , но до сих пор не получено ни одного такого (сделано 13 выводков F2, 88 крысят).
Расчётно, 2/3 этих "пойнтированных" должны быть носителями рубина, а 2/3! "рубиновых"- носителями сиама.
Ключевое слово - "рассчётно". На практике Генетика играет вероятностями, как ей захочется! поэтому -
3 этап - проверяем, получила ли крыса искомое носительство.
И вот тут пока - СТОП! "Пойнтированные" F2 упорно оказываются гомозиготами RR, то есть не получают носительство рубина (Rr). Аналогично и "рубиновые" F2 все оказываются гомозиготами CC (не Cch).

Почему - ХЗ!
.....
Похоже, я разобралась, в чём дело. Это не статистика и не летальность. Дело в размещении этих генов на одной хромосоме.
Согласно данным из проекта "геном крысы", гены окраса (C, в NCBI называется Tyr) и рубиновых глаз (R, в NCBI называется Rab38), оба расположены на хромосоме №1 и довольно близко друг от друга. Между ними всего два других гена - довольно длинный Grm5 и коротенький Ctsc. Картинка получена отсюда


От родителей топаза и сиама дети-агути F1 получают генотип Cch и Rr. Но гены передаются не в виде "россыпи шариков". Эти гены связаны между собой физическим местом на хромосоме. От топаза дитё получит первую хромосому со связкой  "r-C", от сиама - первую хромосому со связкой "R-ch".
Дальше эти, полученные от родителей, "связки" "r-C" и "R-ch" разойдутся по гаметам, и передадутся детям F2 ровно в том же виде. Сиам не получит "r", а топаз -  "ch".  Именно поэтому несмотря на высокую расчётную вероятность получения носительства - оно не передаётся! Будь эти гены на разных хромосомах, рассчёты давно бы уже оправдались.

"Перемешивание" родительских генов при образовании гамет происходит путём кроссинговера в процессе мейоза. И если при этом кроссинговер произойдёт на участке между этими генами, то только тогда они поменяются местами и образуются новые связки: "R-C" и "r-ch". И гаметы со связкой "r-ch" уже смогут участвовать в создании топаза - носителя сиама или сиама - носителя рубина
_{На использованной картинке обозначены другие гены, но принцип, думаю, понятен}


На хромосоме происходит всего 2-3 кроссинговера. Вероятность того, что поменяются местами гены, расположенные на противоположных концах хромосомы, неизмеримо выше, чем вероятность перекрёста именно в промежутке между "R" и "C" (между ними всего-то два гена!). А если такое событие всё же произошло, то ещё не факт, что именно данной гамете "повезёт" создать новый организм. И следующий этап везения - что именно такой организм в дальнейшем будет задействован в проекте! 

Надо очень много везения, чтобы получить-таки топазового бурмиза!

Пока проверено 17 крыс из F2. Надеюсь, мне ещё успеет повезти...

[Даер]

Т.е. всё-таки моя догадка не далека от истины была

[Vili-Nsk]

Мне это тоже уже приходило в голову, ещё год назад разбиралась с геномом крысы. Но тогда не нашла, где находится рубин. Сейчас решила поковыряться "до победного".

[Vili-Nsk]

Ген "пинк", дающий нам шампаней-амберов, тоже находится на первой хромосоме. Но довольно далеко от "C". В NCBI его обозначение - LOC100365773, :  Chromosome: 1; NC_005100.3 (115713244..115991040)
Поэтому альбиносы-носители шампаня у нас не редкость.

На этой же хромосоме, кстати, и американский минк:  Hps5   Chromosome: 1; NC_005100.3 (103884175..103923493, complement)

[kazachka]

Vili-Nsk,

2 этап. Вяжем двух F1: Rr Cch + Rr Cch = F2, в котором идёт расщепление на агути/чёрных (56,25%), сиамов/бурмизов = "пойнтированные" (18,75%) и топазов/бежей="рубиновые" (18,75%). Плюс, рассчётно возможен "пойнтированный рубин"=бежевый/топазовый сиам/бурмиз - с вероятностью 6,25% (1 из 16ти) , но до сих пор не получено ни одного такого (сделано 13 выводков F2, 88 крысят).Расчётно, 2/3 этих "пойнтированных" должны быть носителями рубина, а 2/3! "рубиновых"- носителями сиама.
Ключевое слово - "рассчётно". На практике Генетика играет вероятностями, как ей захочется! поэтому -
3 этап - проверяем, получила ли крыса искомое носительство.
И вот тут пока - СТОП! "Пойнтированные" F2 упорно оказываются гомозиготами RR, то есть не получают носительство рубина (Rr). Аналогично и "рубиновые" F2 все оказываются гомозиготами CC (не Cch).

Вилия, Вы вяжете двух ВОЗМОЖНЫХ носителей признака F2 друг с другом  и при этом в процесс включается ОЧЕНЬ  много  случайностей. Вон, даже рассчетно, для того, что бы получился нужный результат, в помете должно родиться 16 крысят. Тогда один будет с нужными признаками. Часто ли бывают такие пометы? И то это не 100% гарантия такого рождения, потому что и тогда  рассчетный результат может не совпасть с реальным.
А может попробовать другой путь? Вязку F2 не с носителем r или сh, а прямо с топазом или сиамом? Тогда ведь проверка на нужное качество будет намного более точной.

[Vili-Nsk]

Читайте внимательно. Я F2 как раз и вяжу: топаза с сиамом, в проверочных вязках.
F2 - это результат вязки двух F1-агутей, которые заведомо носители и того, и другого.

Список проверочных вязок (жирным шрифтом выделены крысы из F2).
Г5 23.01.12 - 13 - Черри Сибирская, Wheaten Burmese Dumbo Standard х Кендер Сибирский, Fawn Self Dumbo Standard
Н5 11.05.12 - 6 - Серенада Сибирская, Fawn Dumbo Standard х Ягель Сибирский, Burmese Self Dumbo Standard
П5 16.06.12 - 6 - Щетинка Сибирская, Mink-Beige Self Standard х Крекер Сибирский, Golden Siamese Dumbo Standard
Р5 25.06.12 - 7 - Чесуча Сибирская, Wheaten Burmese Dumbo Standard х Янь Сибирский, Beige Self Standard
А6 14.11.12 - 11 - Лозанна Сибирская, Topaz Self Dumbo Standard х Кенни Фредерик Сибирский, Golden Siamese Dumbo Standard
Ш6 25.05.13 - 13 - Юри-сан Сибирская, Fawn Self Dumbo Standard х Жулик из Эдема, BES Dumbo Standard
Э6 15.06.13 - 7 - Юлани Сибирская, Siamese Self Dumbo Standard х Юсуп Сибирский, Fawn Self Dumbo Standard
К7 07.09.13 - 6 - Лайма Сибирская, Topaz Self Dumbo Standard х Юкон Сибирский, Siamese Self Dumbo Standard
Н7 03.10.13 - 7 - Леди Сибирская, Black Eyed Agouti Point Siamese Dumbo Standard х Жарок Сибирский, Topaz Self Dumbo Rex

Б "Камские" - 27.06.12 - 8 - Чумазая Бэйлис Сибирская, Burmese Self Dumbo Standard х Яри Оливер Сибирский, Topaz Self Dumbo Standard

[Shess]

Комментарий глобального модератора

Обсуждение перловых окрасов вынесено в отдельную тему.

[Vili-Nsk]

Vili-Nsk,
Вилия, Вы вяжете двух ВОЗМОЖНЫХ носителей признака F2 друг с другом  и при этом в процесс включается ОЧЕНЬ  много  случайностей. Вон, даже рассчетно, для того, что бы получился нужный результат, в помете должно родиться 16 крысят. Тогда один будет с нужными признаками. Часто ли бывают такие пометы? И то это не 100% гарантия такого рождения, потому что и тогда  рассчетный результат может не совпасть с реальным.
А может попробовать другой путь? Вязку F2 не с носителем r или сh, а прямо с топазом или сиамом? Тогда ведь проверка на нужное качество будет намного более точной.

Или вы предлагаете вязать агутя F1 c топазом или сиамом? Но это приведёт только к большему количеству топазовых либо сиамовых потомков, которых потом всё равно надо будет проверять.

[kazachka]

Не- не. Про F1 речь не шла.    Теперь все в кучке  и все наглядно. Спасибо. 
Будем все-таки надеяться, что результата нет не потому, что это физически невозможно, а потому, что в каждой паре нет достаточного количества крысят для действительно достоверного результата. Просто  много случайных факторов. По идее, каждую пару нужно было бы повязать не один раз, что бы получить хотя бы 16 рассчетных крысят. Без учета всех возможных случайностей. А желательно , конечно,  больше.

[Vili-Nsk]

Результата нет потому, что кроссинговер происходит не в том месте. Или потому, что яйцеклетка с результатом подходящего кроссинговера не была оплодотворена/или нужный сперматозоид не добежал до цели. Или потому что крыса, в которой это всё удалось - не была проверочно повязана...

[kazachka]

Или потому, что яйцеклетка с результатом подходящего кроссинговера не была оплодотворена/или нужный сперматозоид не добежал до цели.

Да, конечно. И вот чтобы это "или" исправить, вязок каждой пары должно быть больше, что бы родилось больше крысят. На больших числах результат должен быть точнее.
Ну, а два других "или" исправить нельзя.

[Vili-Nsk]

Вот-вот. Крыс больше, вязок больше. А куда девать толпы агутей от этих вязок - не подскажете? 
Удручает то, что если загвоздка в этом кроссинговере, то даже на больших числах результата вполне можно не получить. На хромосоме 1 - порядка 4000 генов. Предположим, произошло три перехлёста. Какова вероятность, что один из этих трех пришелся как раз на промежуток между генами C и R??? Стремительно стремящаяся к нулю!

[Vili-Nsk]

Голубые и РГ- бурмизы у нас получаются сами собой (голубые гены находятся на 8й хромосоме). Можно получить шоколадного бурмиза (ген шоколада - на 5й), если это кому-то надо.
Можно даже достаточно быстро получить амберового или минкового бурмиза (гены P и Mo отстоят от C достаточно далеко). А вот именно с топазовым получается такая заковыка!

[kazachka]

Вот-вот. Крыс больше, вязок больше. А куда девать толпы агутей от этих вязок - не подскажете? 
Удручает то, что если загвоздка в этом кроссинговере, то даже на больших числах результата вполне можно не получить. На хромосоме 1 - порядка 4000 генов. Предположим, произошло три перехлёста. Какова вероятность, что один из этих трех пришелся как раз на промежуток между генами C и R??? Стремительно стремящаяся к нулю!

Не подскажу. Но факт от этого не меняется: большее количество потомков увеличивает вероятность попадания в цель.
Ну, а с кроссинговером, конечно, все не понятно. Но любой эксперимент-  и  выведение чего- то нового- всегда большой риск. За что Вам "респект и уважуха".

[Vili-Nsk]

Зато, если таки удастся получить крысу с сочетанием "r сh" на первой хромосоме, то такая "сцепка" будет очень стойкой, и носительство будет передаваться достаточно далеко.

[Neutrum]

Зато, если таки удастся получить крысу с сочетанием "r сh" на первой хромосоме, то такая "сцепка" будет очень стойкой, и носительство будет передаваться достаточно далеко.

А, может, не надо, а?

[Vili-Nsk]

А если такая сцепка - например, (неожиданно) залог продолжительности жизни крысы в среднем 4 года? Тогда как? Уже другое отношение к этому будет?

[Vili-Nsk]

Кстати, с "Ореховыми" бежами. Не исключено, что и там какой-то фактор тоже просто сидит недалеко от рубинового гена. Поэтому и расщепление в детях при возвратной вязке - не соответствует рассчетному.

[Neutrum]

А если такая сцепка - например, (неожиданно) залог продолжительности жизни крысы в среднем 4 года? Тогда как? Уже другое отношение к этому будет?

Разумеется. Но поскольку это маловероятно, вам будет икаться каждый раз, когда заводчики из помета в помет будут получать бежевых сиамов и ломать голову, куда их пристроить

[Vili-Nsk]

Разумеется. Но поскольку это маловероятно, вам будет икаться каждый раз, когда заводчики из помета в помет будут получать бежевых сиамов и ломать голову, куда их пристроить

А чтобы этого избежать, достаточно не брать в разведение сиамов потомков той крысы, у которой такая сцепка получилась. Что очень даже просто!

Мне вот оччень интересно - почему хасконосительство тянется с американскими минками и сиамами хрен знает поскольку поколений. Не иначе, как хаски-ген где-то между C и Mo находится, и однажды произошел кроссинговер, "сцепивший" эти гены!