Максимально разграничить территорию. В идеале - в разные комнаты, и котёнка в комнату с крысами не допускать.
Котёнок с улицы, кстати, мог и какую крысиную инфекцию с улицы на себе принести, фиг его знает, по каким подвалам он скитался... Так что в любом случае ещё и карантин неплохо бы выдержать изолированно. Ну и в дальнейшем - пока это дитё дурное неразумное, с крысами даже через решётку контакта не допускать. Даже если он не сможет причинить вреда крысам по габаритам и малолетству - зато крысы при желании это могут сделать запросто. Кот - охотник. Крысы - добыча (но добыча, у которой есть впечатляющие зубы). Инстинктов никто не отменял.