При псевдотуберкулезе, ослаблен иммунитет и иерсинии «вырываются» из лимфатической системы, распространяясь по всему организму, образуя гранулемы во всех органах и приводя к их недостаточности. Такое тяжелое течение болезни носит название генерализованной или септической формы и может закончиться смертью.
К тяжелым последствиям может привести развившийся во время болезни менингит, а также аппендицит, вызванные иерсиниозным воспалением.