Это вопрос без ответа, на самом деле. Психика человека сложная и причин фобии бывает много
Имеет смысл рассматривать только какой-то отдельный случай, и то, без психотерапевта не всегда разберёсси
Обычно мыши и крысы людям просто не нравятся. Вызывают отвращение, потому что оное им навязали через застарелые стериотипы (ну вы знаете, чума, бешенство, лептоспироз, все дела) и древняя обида на крыс и мышей за то, что они тырят хавчик из амбаров. Ну и потому что у крыс хвост похож на змею. Меня лично у крыс пугали их длинные острые зубищи: покупка первой крысы была крайне спонтанной, буквально сразу же, как крыса потянулась ко мне своими ЗУБАМИ (никакого криминала, крыса просто подняла голову и принюхалась, нижняя губа оттопырилась и я увидела крысиное кусало во всей красе), я об этом пожалела и первое время кормила крысу и убиралась у неё через нервные мурашки по спине. И на форумы я пришла узнать чем чудовище кормить и куда его в добрые руки побыстрее сплавить
Но после знакомства с крысами поближе, неприязнь постепенно рассасывается. Я, вот, как-то втянулась, и чудище оказалось не таким уж и чудищем, как я себе навоображала.
Если говорить о конкретно фобии, то тут всё оч сложно и часто неисправимо. Не психотерапевт, не знаю о причинах фобий это уж точно. Фобии сами по себе нелогичны. К примеру, я знаю пару человек, которые боятся бабочек. Они вызывают у них ужас, хотя сами по себе люди знают, что бабочки безобидные. Я жуков боюсь и в частности особенно тараканов, и не могу назвать точную причину. Меня жуки никогда не кусали настолько сильно, чтобы это меня испугало (да камон, пауки и осы кусаются сильнее, но я их не боюсь). Я знаю, что они в большинстве совершенно безобидные и в детстве вполне спокойно таскала тех же божьих коровок и майских в руках. Но сейчас они меня пугают, хз. Возможно, дело в том, что в детстве бабуля при мне задавила какого-то крупного таракана рукой и это оставило в моей душе неизгладимый след и вылилось в фобию
Я пробовала с этим бороться и у меня жили декоративные тараканы дома, я их профилактически брала в руки, но избавиться от страха полностью так и не смогла. Я не падаю в обморок при виде жучка, не желаю никакого зла всем встреченным жукам и даже признаю, что некоторые из них очень милые, но тесно контактировать с ними мне некомфортно и стрёмно. Аналогично, думаю, и у людей с фобией крыс и мышей -- они смогут в лучшем случае через нервняк погладить крыску и в целом не будут иметь что-то против них, но всё равно страх полностью не исчезнет.