Багаж зарегистрируют до конечного пункта, если все одной компанией(хотя бывают случаи, когда регистрируют на внутрироссийских перелёт отдельно, то есть по прилету в Москву надо получить багаж и пройти на регистрацию, но к счастью таких случаем все меньше) Но. Необходимое возьмите с собой в ручную кладь, до Амстердама вы полетите аэрофлотом и оттуда клм. У них в Амстере разные хендлигновые агенты, то есть багаж не просто ведут с самолета на самолёт, а передают другой компании на погрузку. А значит он может не успеть, особенно, если короткая стыковка.
Паспортный контроль будет в Амстердаме, там время лучше не тянуть, а сразу бежать на паспорта. Аэропорт огромный, там на указателях показано примерно сколько времени до нужноготерминала идти, вплоть до 20 минут из одного конца в другой. До и после паспортов в дьютиках продают одно и то же, поэтому сначала пройдите паспорта и потом шоппинг)